Wreszcie zabrałem się za sprawdzanie tego co napisałeś. Jest błąd, a przynajmniej taki udało mi się znaleźć. Jak napisałeś, problemy zaczynają się od 888043, który ma w edytorze wpisane 1-6, ale w rubryce "Kursuje" ma wpisane "D", czyli dni robocze. Sprawdziłem w stworzonym przez siebie RJ dla liskowa i parametr "D" mam wpisany tylko kiedy w dniach wyprawiania mam 1-5 wpisane. Przy wpisie 1-6 już lit. D nie mam umieszczonej.
Co do innych nie przyjeżdżających to nawet na moim RJ, zdarzają się przypadki, że jedzie np. poc. 44025 (ostatnio miałem taki przypadek), którego w ogóle nie pokazuje w RJ, a w edytorze jest wpisany.
9942 i 9943 już nie mają lit. D wpisanej w Kursuje, a jak napisaleś, mimo tego nie przyjeżdżają. W programie zdarzają się różne błędy, może to też jest jeden z nich.